Основной целью научной (научно-исследовательской) деятельности Академии является развитие фундаментальных и прикладных научных исследований, проведение глобально конкурентоспособных научно-исследовательских работ и экспериментальных разработок по приоритетным направлениям развития науки в установленной сфере деятельности, а также информационно-аналитическое и экспертное обеспечение деятельности Администрации Президента Российской Федерации, Правительства  Российской Федерации и органов государственного управления. 

Согласно названной цели основными задачами в рамках научного направления деятельности Академии являются:

• Проведение фундаментальных и прикладных исследований по актуальным направлениям социально-экономического развития в интересах Российской Федерации в рамках Государственного задания Академии и инициативно; 
• Изучение, обобщение и развитие международного опыта и международного научного сотрудничества по направлениям научных исследований в соответствии с профилем Академии;
• Оказание консультационных, информационно-аналитических и научно-методических услуг федеральным органам государственной власти, органам государственной власти субъектов Российской Федерации, органам местного самоуправления и организациям;
• Создание условий для интеграции научной и образовательной деятельности, в частности содействие практическому применению и внедрению результатов научных исследований и разработок в образовательном процессе;

Приоритетными для Академии являются научные исследования, выполняемые по следующим направлениям:

• Долгосрочные факторы и перспективы формирования инновационной экономики. Государственное регулирование инновационного развития.
• Социальная экономика и социальные реформы.
• Макроэкономическое прогнозирование и моделирование. Экономический рост.
• Денежно-кредитная и валютная политика.
• Бюджетная реформа и налоговая политика.
• Финансовая система, финансовые рынки и стимулирование инвестиционной активности.
• Институциональные факторы экономического роста.
• Внешнеэкономическая политика  и интеграционные процессы.
• Региональная и городская экономика. Социально-политические и культурные тенденции развития регионов.
• Аграрная экономика.
• Энергетика, инфраструктурные отрасли, экология, безопасность и информационные технологии.
• Социологические исследования.
• Социально-исторические, политико-правовые, культурологические и философские исследования.
• Экономика образования  и перспективы реформы образования. Научно-методическое обеспечение государственной кадровой политики.
• Государственное управление и государственная служба. Административная реформа и государственные услуги.